Florian Schüle studierte an den Musikhochschulen München und Karlsruhe bei Hubert Hilser, Otto Kronthaler und Wolfgang Meyer und schloss sein Studium als Diplom-Musiklehrer, Diplom-Musiker und Orchestersolist ab. Von 2004 bis 2025 war er Soloklarinettist der Badischen Philharmonie Pforzheim und gastiert seither regelmäßig beim SWR Symphonieorchester, der Staatsoper Stuttgart, der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen, dem Stuttgarter Kammerorchester sowie verschiedenen Orchestern im süddeutschen Raum.
Ein wesentlicher Schwerpunkt seines musikalischen Profils ist die historische Aufführungspraxis. 2009 wurde er von Thomas Hengelbrock zum Soloklarinettisten des Balthasar-Neumann-Orchesters berufen. Mit diesem Ensemble ist er weltweit in Konzerten, Opernproduktionen, Aufnahmen und Tourneen tätig. Als Mitglied des Solisten-Bläserensembles Balthasar-Neumann gestaltet er zudem seit vielen Jahren Kammerkonzerte in Deutschland und Europa.Prägend war auch die langjährige Zusammenarbeit mit Teodor Currentzis und MusicAeterna. Internationale Aufmerksamkeit erhielt er insbesondere 2017 bei den Salzburger Festspielen, als er unter Currentzis den Soloklarinettenpart in Mozarts La clemenza di Tito übernahm – ein Auftritt, der zum „Festspielmoment des Jahres“ gewählt wurde.
Neben seiner künstlerischen Laufbahn ist Schüle seit vielen Jahren engagierter Pädagoge. Er unterrichtet historische Klarinetten, Kammermusik sowie Orchesterarbeit an den Musikhochschulen München und Freiburg und gibt Seminare zum mentalen Üben. Gemeinsam mit Thomas Hengelbrock entwickelte er die Balthasar-Neumann-Akademie mit, ein Ausbildungsprogramm, das junge Musikerinnen und Musiker künstlerisch und organisatorisch begleitet und seit 2024 von der EU gefördert wird. Regelmäßige Kammermusik- und Lehrprojekte führen ihn seit 2014 auch nach Havanna an das Instituto Superior de las Artes.
Seit 2018 leitet er gemeinsam mit Prof. Kilian Herold das internationale Klarinettenfestival Clarimondo in Staufen.
Zum Wintersemester 2025/26 wurde Florian Schüle auf die Professur für Bläserkammermusik an der Hochschule für Musik Karlsruhe berufen.