Nikolaus Indlekofer ist akademischer Musikdirektor am Karlsruher Institut für Technologie. Er leitet dort, den Konzertchor, den Kammerchor und die Philharmonie. Zu seinen Aufgaben als Musikdirektor gehört auch eine Lehrtätigkeit an der Hochschule für Musik Karlsruhe in den Fächern Chordirigieren und Ensembleleitung.
Seine Ausbildung erhielt er ebenfalls an der Musikhochschule in Karlsruhe. Er studierte Schulmusik, Violoncello und Chor- und Orchesterdirigieren. Seine Lehrer waren Prof. Annemarie Dengler, Prof. Martin Schmidt und GMD Erich Wächter. Kurse bei Wolfgang Seeliger, Wolf-Dieter Hauschild und John Eliot Gardiner ergänzten seine Dirigierausbildung.
Nikolaus Indlekofer leitet das Sinfonieorchester der Musikschule Ettlingen und engagiert sich im Badischen Chorverband als Mitglied des Musikausschusses und Dozent in der Chorleiterausbildung.
Gastdirigate führten ihn mit dem Marburger Kammerorchester, dem Sinfonieorchester in Bielsko Biala, dem Orchester der Hansestadt Lübeck sowie der Kammerphilharmonie Karlsruhe zusammen.
Er arbeitete mit namhaften Solisten wie Lise de la Salle, Boris Giltburg, Robert Benz und Jean Philippe Collard zusammen.