Johannes Hustedt studierte Musikpädagogik und Querflöte in Bremen bei Renate Ruge-von Rohden und Karlsruhe bei Renate Greiss-Armin, wo er 1990 die künstlerische Reifeprüfung mit Auszeichnung absolvierte. Meisterkurse bei Aurèle Nicolet, Alain Marion, Paul Meisen und András Adorjan rundeten seine Studien ab. Mit dem Anliegen musikalisch/kulturellen Austausches übt er eine weltweite Konzerttätigkeit als Solist und Kammermusikpartner aus, sowie Uraufführungen, Rundfunk- und TV-Produktionen, wobei er oftmals als Grenzgänger zwischen Improvisation und Interpretation auftritt. Dabei hinterlässt die Auseinandersetzung mit Musik aus allen Kulturkreisen, besonders Asien, Südamerika und Osteuropa deutliche Spuren. Ausflüge in die Welt der historischen Aufführungspraxis mit Traversflöte, sowie interdisziplinäre Tanz- und Schauspielprojekte bereichern seinen künstlerischen Ausdruck.
Er ist zu Gast bei zahlreichen Festspielen, wie z. B. Ludwigsburger Schlossfestspiele, Hohenloher Kultursommer, Musikfesttage Frankfurt/Oder, Festival des "Centro para la Difusión de la Música Contemporánea" im Círculo de Bellas Artes in Madrid, "ProBaltica" Warschau, Thomas-Mann-Festival Nida/Litauen, GAIDA-New Music Festival Vilnius, Neue Oper Toronto, California State University Los Angeles und New York City-Series. Seine CD-Veröffentlichungen bei KOCH International, RBM, Animato, SwissPan, Guild-Music und Sargasso finden international große Anerkennung.
Als Solist ist er zusammen mit dem Südwestdeutschen Kammerorchester, dem Litauischen Kammerorchester, dem St. Christopher Chamber Orchestra of Vilnius und der Philharmonie Baden-Baden zu hören. Johannes Hustedt war Gründungsmitglied des Gamelan-Orchesters des Übersee-Museums Bremen, künstlerischer Leiter der Baltikumtage des Hermann-Hesse-Jahres 2002 in Calw und Kulturbotschafter des Landes Baden-Württemberg im Rahmen des deutsch/kanadischen Kulturaustausches 2006.
Seit 1990 lehrt er an der Musikhochschule Karlsruhe und ist ein weltweit gefragter Gastdozent, z. B. an der Fondation Hindemith Blonay, der Hochschule für Künste Bremen, den Universitäten Rio de Janeiro, Salvador da Bahia und Los Angeles, sowie an den Nationalen Musikakademien Kiew und Vilnius. Neben methodisch-didaktischen Themen sind seine Schwerpunkte zur Zeit die Musik des Baltikums und die Komponisten am Hofe Mannheims.
2006 gründete er zusammen mit seiner Ehefrau, der Künstlerin Chai Min Werner, das Kunsthaus-Durlach, dessen Anliegen es ist, Spiritualität, Musik und bildende Kunst unmittelbar erlebbar zu machen. Johannes Hustedt war von 2015 bis 2021 Stellv. Vorstandsvorsitzender des Tonkünstlerverbandes Baden-Württemberg e. V. und von 2013 bis 2019 Vorsitzender des Regionalverbandes Karlsruhe.
„Musik bedeutet für mich in der Begegnung mit Zuhörern, Mitspielern und Komponisten Offenheit für neue Wege, stetiges Wachsen und Weiterentwicklung.“