Seit dem Wintersemester 2018/19 ist Matthias Beckert Professor für Chorleitung an der Hochschule für Musik Karlsruhe. Zuvor lehrte er als Professor für Orchesterleitung an der Hochschule für Musik Detmold und als Professor für Chorleitung an der Hochschule für Musik in Würzburg. Davor war er bereits an der Hochschule für Musik in Hannover und als Gastprofessor an der Hochschule für Musik in Krakau tätig.
Als Dirigent leitet er das Vokalensemble Cantabile Regensburg und den MonteverdiChor Würzburg. Mit seinen Chören ist er mehrfacher Preisträger u. a. beim Bayerischen und Deutschen Chorwettbewerb. Daneben arbeitet er mit Rundfunkchören ebenso wie mit Orchestern, etwa den Nürnberger Symphonikern, der Jenaer Philharmonie, der Vogtland-Philharmonie, der Thüringen Philharmonie oder den Hofer Symphonikern. Regelmäßig dirigiert er Ensembles der Alten Musik, u.a. das Concert Royal Köln, die Würzburger Hofmusik und die Akademie für Alte Musik Berlin.
Eine produktive Zusammenarbeit verbindet ihn mit renommierten Komponisten wie Krzysztof Penderecki, Wolfram Buchenberg, Zsolt Gárdonyi, Heinz Werner Zimmermann, Toshio Hosokawa und Wilfried Hiller. Zahlreiche Rundfunk-, Fernseh- und CD-Aufnahmen, u. a. bei CPO, Helbling, Musicaphon, Spektral und TYXart, dokumentieren sein Wirken.