Matthias Wiegandt wurde 1965 in Unna geboren. Zwischen 1985 und 1991 studierte er Musikwissenschaft, Neuere Deutsche Literaturgeschichte, Geschichte und Philosophie an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg im Breisgau. 1991 beendete er das Magisterstudium mit einer Arbeit über die Klaviersonate fis-Moll op. 2 von Johannes Brahms.
Zwischen 1993 und 2001 war er Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Musikwissenschaftlichen Seminar der Universität Freiburg. Seine 1995 eingereichte Dissertation über die Symphonie zwischen 1850 und 1875 erschien 1997 unter dem Titel Vergessene Symphonik? Studien zu Joachim Raff, Carl Reinecke und zum Problem der Epigonalität in der Musik. 2002 habilitierte er sich mit einer Arbeit zur Musik im Kontext filmischen Erzählens. Anschließend wirkte er als Oberassistent am Musikwissenschaftlichen Seminar der Universität Freiburg.
Seit Beginn des Sommersemesters 2004 ist Matthias Wiegandt Professor am Institut für Musikinformatik und Musikwissenschaft der Hochschule für Musik Karlsruhe. Seine wissenschaftlichen Arbeiten erkunden die Kompositions- und Interpretationsgeschichte der Musik des 19. bis 21. Jahrhunderts, außerdem die Themenfelder Filmmusik, Musikvermittlung, Musikkritik sowie die Wechselbeziehungen zwischen den Künsten. Dazu kommen Essays, Rundfunksendungen und CD-Booklettexte.
Matthias Wiegandt war von 2019 bis 2022 Prorektor für Lehre, Studien- und Prüfungsangelegenheiten an der Hochschule für Musik Karlsruhe und Vorsitzender des Promotions- und Prüfungsausschusses.
Seit Oktober 2022 ist Prof. Dr. Matthias Wiegandt Rektor der Hochschule für Musik Karlsruhe.