Manfred Kratzer studierte Klavier an den Musikhochschulen in Freiburg und Karlsruhe bei Prof. H.M. Eggen und Prof. S. Speidel. Neben einem Kontaktstudium Klavierduo in Stuttgart bei Prof. H.-P. Stenzl besuchte er Meisterkurse u.a. an der Internationalen Sommerakademie Salzburg.
Manfred Kratzer ist 1. Preisträger des Mendelssohn Wettbewerbs und der International Murray Dranoff Piano Duo Competition. Beim SWR und Radio Bremen spielte er Kammermusik- und Soloaufnahmen sowie mehrere CDs als Klavierduo und als 12-Pianistenensemble ein. In Zusammenarbeit mit dem Busch-Kollegium Karlsruhe erschienen beim Label Toccata Classics CD Aufnahmen mit Kammermusikwerken von Adolf Busch und Josef Schelb.
Seit 1992 ist Manfred Kratzer Dozent an der Hochschule für Musik Karlsruhe. Er ist Juror bei Jugendwettbewerben und bei „Jugend musiziert“ und engagiert sich für die Förderung Jugendlicher, die ein Musikstudium anstreben. Konzerte mit dem Ensemble Recherche und Auftritte als Mendelssohn Klavierduo sowie als Kammermusikpartner spiegeln die Vielseitigkeit und Breite seiner pianistischen Tätigkeiten wider.
Engagements als Solist, Liedbegleiter, Korrepetitor und Organist gehören ebenfalls zu seinem Profil und führten zu Festivals und Konzerten in Mexiko, Brasilien, den USA, Frankreich, Polen, Taiwan und Japan.